Mikołaj Kopernik urodził się 19 lutego 1473 roku w Toruniu, jako czwarte dziecko Mikołaja i Barbary Koperników. Jego ojciec, toruński kupiec poślubił Barbarę w roku 1466. Ojciec Barbary Łukasz Watzenrode (starszy) był w owym czasie jednym z najbogatszych i najznaczniejszych ludzi w Toruniu, dzięki czemu po jego śmierci Mikołaj Kopernik wraz z żoną odziedziczyli duży majątek, na który składało się: dwa domy w Toruniu, 37 grzywien czynszu wypłacanego przez miasto, wsie Mokre i Kuczwały, winnicę w Kaszczorku, 3 morgi łąki w Sitowie, wreszcie złoto, srebro.

            Mikołaj Kopernik miał troje rodzeństwa: Andrzeja, Barbarę i Katarzynę. Rodzice podobnie jak trójkę swoich starszych dzieci ochrzcili Mikołaja w kościele parafialnym pod wezwaniem św. Jana. Mikołaj Kopernik wraz z rodziną mieszkał w domu przy ulicy św. Anny 17 (dziś ulica im. Mikołaja Kopernika) a gdy miał siedem lat przeniósł się wraz z rodziną do kamienicy na Rynku Staromiejskim ulokowanej naprzeciwko Ratusza. W 1483 roku zmarł ojciec Mikołaja Kopernika. Opieką nad matką i dziećmi zajął się brat Barbary Łukasz Watzenrode. Między biografami trwa spór, gdzie Mikołaj pobierał pierwsze nauki:

·         w samym Toruniu była szkoła parafialna, zwana świętojańską. Szkoła stała na dobrym poziomie i prowadzono tam nawet jakieś studia astronomiczne;

·         wiele przemawia za Chełmem. Istniała tam szkoła średnia Braci Wspólnego Życia (hieronimitów), która cieszyła się poparciem Łukasza Watzenrode. Bracia ci przybyli z Niderlandów, gdzie zrzeszenie ich prowadziło wiele szkół typu humanistycznego. Słynęli jako doskonali pedagodzy i nauczali miedzy innymi znakomicie łaciny klasycznej. W Niderlandach do uczniów ich należał sam Erazm z Rotterdamu. I ich szkoła w Chełmnie miała znakomita opinię. W mieście tym poza tym przebywała w klasztorze benedyktynek ciotka Mikołaja Katarzyna Packa i siostra Barbara;

we Włocławku, gdzie wuj Łukasz miał kanonie i przebywał w czasie wolnym od swych częstych podróży krajowych i zagranicznych, znajdowała się szkoła katedralna, również na niezłym poziomie, filia Akademii Krakowskiej. Rozsyłała to swoje dzieci szlachta kijowska, repolonizujaca się szlachta pruska, bogaci mieszczanie gdańscy. Była to szkoła dla ludzi bogatych, wpływowych i dobrze urodzonych. W Prusach uważano, że warto posyłać to młodzież, gdzie nauczy się dobrze mówić i pisać po polsku. Wśród uczniów spotykamy nazwiska powtarzające się później w życiu Mikołaja. Tutaj również zachowała się tradycja o pobycie Kopernika. Tradycja ta wprawdzie bałamutna, gdyż według niej był Kopernik twórcą zegara słonecznego na południowej ścianie katedry włocławskiej, sam zegar zaś jest dużo późniejszy.

Jesienią 1491 roku osiemnastoletni Mikołaj przybył wraz z bratem na studia do Krakowa. Za studia mieli zapłacone z góry. Jako, że pochodzili obaj z zamożnej rodziny prawdopodobnie nie mieszkali w bursie studenckiej, ale na stancji. Na Akademii Krakowskiej Kopernik najprawdopodobniej uczył się następujących przedmiotów: gramatyki, poetyki, retoryki, filozofii opartej na studiach nad dziełami Arystotelesa, początki matematyki, jak arytmetyka, geometria i astronomia. W Krakowie wykładowcami Kopernika byli najprawdopodobniej: Wojciech z Brudzewa (prowadził wykłady z matematyki i astronomii), Jan Stobner, Wojciech z Pniew, Szymon z Sierpca.

            W 1495 roku Kopernik nie uzyskawszy jeszcze żadnego tytułu naukowego wezwany został wraz z bratem Andrzejem przez wuja do Fromborka – stolicy kapituły warmińskiej. Biskup Łukasz chciał ich uczynić jej kanonikami. W tym też roku przyjął z rąk wuja niższe święcenia kapłańskie.

 Z tego względu, że Mikołaj i Andrzej nie mieli tytułu naukowego zmuszeni byli podjąć nowe studia. Za zgodą kapituły w połowie 1496 roku wyjechali na studia do Włoch. Zgodnie z życzeniem wuja i kapituły wybrali obaj Kopernikowie studia prawnicze, gdyż te były najwyżej w Kościele cenione, otwierały drogę do dalszej kariery duchowej, a często i politycznej. A jeśli studiować prawo to najlepiej na najbardziej renomowanej uczelni w tej dziedzinie, czyli na Uniwersytecie Bolońskim. W Bolonii Kopernik zapisał się do „nacji”, czyli (narodu) germańskiego potężnej i wpływowej, co mogło stanowić istotne udogodnienie w studiach i codziennych kłopotach życiowych.

            W 1497 roku Kopernik objął kanonię. W Bolonii Kopernik zetknął się z astronomem i astrologiem Domenico Maria de Navara, który pchnął Kopernika na drogę konkretnych badań prowadzących do nowej teorii astronomicznej.

            W 1500 roku (Rok Święty) Kopernik przeniósł się do Rzymu, do stolicy Państwa Kościelnego, gdzie prawdopodobnie przeszedł praktyczny kurs prawa kanonicznego. W 1501 roku na wiosnę Kopernik wraz z bratem wrócił do Polski. I jeszcze raz kapituła zezwoliła mu na studia we Włoszech. Mikołaj obiecał, że będzie studiował medycynę, a później leczył kanoników i biskupa. Była to degradacja, machniecie ręką na możliwości leniwego młodzieńca, który wzgardził poważnymi studiami. Medycyna była znacznie gorsza od prawa, wątpiono nawet, czy duchowny powinien się nią zajmować. Jesienią 1501 roku przybył Mikołaj Kopernik do Padwy. Zwyczajem ówczesnym łączono astrologię z medycyną. Lekarz musiał wiedzieć, jaki wpływ mają gwiazdy na losy pacjenta i na zioła, z których sporządzano leki. Studia medyczne oparte na solidnej wiedzy i bogatej lekturze dały Kopernikowi prawdopodobnie stopień licencjata, który uprawniał do praktyki lekarskiej.